Ubuntu の日本語標準フォントは、Takaoフォントだそうです。
そこで、Emacs を monospace(Takaoゴシックの別名)で表示してみます。
;; フォントの設定
(cond
(window-system
(set-default-font "monospace")
(set-fontset-font (frame-parameter nil 'font)
'japanese-jisx0208
'("monospace" . "unicode-bmp"))))